El eje fundamental de la hidrografía Policarpense lo constituye el río Patía que bordea la parte sur del Municipio, convirtiéndose así en el principal receptor de aguas provenientes de otros ríos y quebradas de la región. El Patía atraviesa un vasto territorio del norte de Nariño en donde comienza a recibir las aguas de ríos tan importantes como el Mayo, quien las tributa en una zona cercana al corregimiento de El remolino (Taminango), luego el río Guaitara en la zona denominada Puerto Rico y a medida que pasa por Policarpa va recibiendo un gran caudal de aguas provenientes de otros ríos como el San Pablo. Con este gran caudal, el río Patía rompe a la Cordillera Occidental en el sitio denominado La Hoz de Minamá y como ya se mencionó con anterioridad, corre a desembocar al Océano Pacífico.

Es importante destacar a ríos como el Iscuandecito, que tendría una gran utilidad hidro-energética y con mayor razón cuando es tributario de otro gran río como es el Iscuandé. Así mismo se cuenta con importantes quebradas como la de San Pablo y Las Juntas que se localizan en el Corregimiento de Madrigales y se las puede aprovechar para impulsar buenos sistemas de riego.

Como se puede observar, la capacidad hídrica existente en este Municipio es de altas proporciones, sin embargo la actual tala indiscriminada de riqueza forestal coloca en peligro esa capacidad sin que hasta el momento se impulse políticas reales de protección a los ecosistemas. Además, los recursos con los que cuenta el Municipio no permiten desarrollar grandes planes de reforestación.