El actual territorio de Policarpa antes de la llegada de los españoles estuvo poblado por dos grupos indígenas: los Chapanchicas y los Sindaguas, los primeros vivieron en un periodo de desarrollo correspondiente al pre arcaico y por ende eran tribus concheras, como lo demuestran los restos arqueológicos que ellos dejaron; mientras los Sindaguas lograron un nivel de desarrollo que los ubico arqueológicamente el arcaico y a pesar que eran tribus guerreras se ubicaron en las orillas del rió Patía en donde se dedicaron en un comienzo o la horticultura y después a la agricultura. A raíz de que el mencionado rio es rico en oro, los Sindaguas lo obtenían con método parecido al mazamorreo y lo trabajaban empleando el sistema de laminado, con el que produjeron hermosas piezas orfebres y que actualmente se exhiben en los museos de la ciudad de Sanjuán de Pasto (Museo del Oro del Banco de la República) y la capital del hermano país del Ecuador, Quito (Museo del Banco Central).Este hecho ha permitido demostrar que los indígenas Sindaguas tuvieron nexos comerciales con la cultura Piartal la cual pobló gran parte de la zona andina nariñense, llegando hasta la ciudad ecuatoriana de Tulcán a través de los invasores incas quienes dominaron TUNKAHUAN (palabra que en quechua significa: pueblo que vive en las montañas).Durante la época de el dominio español, los Sindaguas se sublevaron contra ese dominio hecho que culmino con el castigo de los principales cabecillas o representantes de aquella raza guerrera, formándose así la región del castigo, sitio donde se acabaron las ultimas ilusiones realistas de Colombia y América,

con la derrota de Agustín Agualongo y en donde acontecieron hechos de notable importancia durante la” Guerra de los Mil días”.

Algunos historiadores coinciden -entre ellos- José Rafael Samudo de que en los primeros días de la conquista de Nariño, se fundó en el año de 1542 la ciudad de madrigales por orden de don Sebastián de Belalcázar, en la orilla del río Patía y específicamente en el sitio conocido como Nachao y en donde se ubica actualmente el corregimiento de El Ejido, sitio donde se hallan los antiguos cimientos de las casas del visitador Thomas López quien el año de 1558 aconsejo a sus habitantes trasladarse a un sitio que tuviera mejores condiciones para vivir y por ello se decidió ubicar al joven poblado en Madrigales, sitio redescubierto por el explorador nariñense Juan Pablo Guerrero.

En lo referente al casco urbano de Policarpa, parece que se pobló con gente que alguna vez se refugió en el castigo, ya que en las primeras décadas del siglo XX, el inspector Melchor Guerra traslado la población al sitio denominado como casa fría, cerca de chita. El municipio de Policarpa fue creado mediante ordenanza No.22 de noviembre 29 de 1972 y segregado del municipio del rosario al cual pertenecía como corregimiento, siendo su primer alcalde el doctor Norberto Ortega Vargas